发行刊物：Microbiome -测序数据挖掘类文章 -    中科院 1区，Top 期刊，影响因子 17

“南非出生队列中早期生命鼻咽微生物群的继承和决定因素”

摘要 ：背景： 定植于鼻咽部的细菌作为呼吸健康的守门人起着关键作用。然而 ，在低收入和中等收入国家 （ LMIC ） 中 ，早 期鼻咽 （ NP） 细菌特征的动力学仍未得到充分研究 ，这些国家儿童下呼吸道感染的危险因素患病率很高。我们调查了南非低收入家庭健康婴儿 NP 细菌谱和相关暴露的纵向变化。方法 ：我们使用短片段 （V4 区域） 16S rRNA 基因扩增子测序来表征南非出生队列中 103 名婴儿的 NP 细菌谱 ，从出生到出生后的前 12 个月每月一次 ，此后每 6 个月一次 ，直到 30 个月。结果： 棒状杆菌属 （ Corynebacterium） 和葡萄球菌属 （ Staphylococcus） 是出生后 1 个月的主要定植者;然而 ，这些在 4 个月时迅速被莫拉菌或嗜血杆菌为主的概况所取代。这种继承几乎是普遍的 ，并且在很大程度上独立于广泛的风险敞口。温暖的天气（夏季） 、胎龄较低、母亲吸烟、无日托服务、抗生素暴露或 12 个月时年龄别身高 z 评分较低与较高的 α 和 β 多样性相 关。夏季还与葡萄球菌、链球菌、奈瑟菌或厌氧革兰氏阴性菌的较高相对丰度有关 ，而春季和冬季分别与嗜血杆菌或棒状杆菌的较高相对丰度有关。母亲吸烟与较高的卟啉单胞菌相对丰度相关。抗生素治疗（或异烟肼预防结核病）与厌氧类群（卟啉单胞菌属、梭杆菌属和普雷沃氏菌属）的相对丰度较高以及健康相关类群棒状杆菌属和白粒杆菌属的相对丰度较低有关。 HIV 暴露与 Klebsiella 或 Veillonella 的较高相对丰度以及 Lachnospiraceae 科中未分类属的较低相对丰度相关。结论： 在这个密集 采样的队列中 ，以健康相关的棒状杆菌和白粒杆菌为主的早期谱被莫拉氏菌和嗜血杆菌为主的早期谱迅速且可预测地替换 ，与暴露无关。季节和抗生素暴露是 NP 细菌谱的关键决定因素。研究中未充分但高度普遍的低收入和中等收入国家普遍存在的暴露 ，包括孕产妇吸烟和 HIV 暴露 ，与 NP 细菌谱有关。