生物信息学分析(生信分析)是通过整合生物学、计算机科学和统计学方法,对高通量组学数据进行系统性解析的跨学科领域,在基因组学、临床医学和药物研发中具有核心价值。
核心方法论体系
基础分析框架。
- 数据获取:从TCGA、GEO等数据库下载转录组、基因组数据,进行质量控制和标准化处理。
- 差异分析:采用DESeq2、edgeR识别差异表达基因,设置筛选标准(如p<0.05,|log2FC|>1)。
- 功能注释:通过DAVID、clusterProfiler进行GO和KEGG通路富集分析,揭示基因功能特征。
高级分析维度。
- 生存建模:运用Kaplan-Meier曲线评估基因预后价值,LASSO回归构建多基因风险评分模型。1
- 免疫微环境:采用CIBERSORT、TIMER估算免疫细胞浸润度,分析PD-1/CTLA-4等检查点表达。
- 多组学整合:结合基因组变异、表观修饰和蛋白质互作网络,构建ceRNA调控模型。
关键技术突破
- 单细胞解析:通过t-SNE降维和标记基因识别,揭示肿瘤异质性及细胞亚群特征。1
- 人工智能应用:利用机器学习构建诊断Signature,深度学习预测药物敏感性。13
- 可视化体系:火山图展示差异基因分布,热图呈现表达模式聚类,PPI网络可视化枢纽基因。
临床应用场景
肿瘤精准医疗。
- 识别驱动基因突变(如EGFR、TP53)。
- 预测免疫治疗响应及耐药机制。
- 疾病标志物发现。
- 筛选血液外泌体诊断标志物。
- 建立阿尔茨海默症多基因预测模型。3
- 药物研发加速。
- 基于GDSC数据库预测化疗敏感性。
- 构建药物-靶点相互作用网络。1
具体服务:
纯生信
●生信+实验
●多组学联合分析
●转录组数据生信分析
●代谢组数据生信分析
●单细胞测序生信分析
●转录组蛋白组联合分析
●微生物代谢联合分析
●转录代谢联合分析
●蛋白代谢联合分析
●单细胞空间多组学联合分析
●转录组学与代谢组学关联分析
●宏基因组数据生信分析
●ceRNA整合分析
●META分析
●基础临床生信分析
●生信分析SCI论文辅助
●医学TCGA GEO数据库挖掘公
共数据库挖掘