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生信分析

生物信息学分析(生信分析)‌是通过整合生物学、计算机科学和统计学方法,对高通量组学数据进行系统性解析的跨学科领域,在基因组学、临床医学和药物研发中具有核心价值。

核心方法论体系

基础分析框架‌。

  • 数据获取:从TCGA、GEO等数据库下载转录组、基因组数据,进行质量控制和标准化处理。
  • 差异分析:采用DESeq2、edgeR识别差异表达基因,设置筛选标准(如p<0.05,|log2FC|>1)。‌‌‌‌
  • 功能注释:通过DAVID、clusterProfiler进行GO和KEGG通路富集分析,揭示基因功能特征。

高级分析维度‌。

  • 生存建模:运用Kaplan-Meier曲线评估基因预后价值,LASSO回归构建多基因风险评分模型。‌‌‌‌1
  • 免疫微环境:采用CIBERSORT、TIMER估算免疫细胞浸润度,分析PD-1/CTLA-4等检查点表达。‌‌‌‌
  • 多组学整合:结合基因组变异、表观修饰和蛋白质互作网络,构建ceRNA调控模型。

关键技术突破

  • 单细胞解析‌:通过t-SNE降维和标记基因识别,揭示肿瘤异质性及细胞亚群特征。‌‌1
  • 人工智能应用‌:利用机器学习构建诊断Signature,深度学习预测药物敏感性。‌‌1‌‌3
  • 可视化体系‌:火山图展示差异基因分布,热图呈现表达模式聚类,PPI网络可视化枢纽基因。

临床应用场景

肿瘤精准医疗‌。

  • 识别驱动基因突变(如EGFR、TP53)。
  • 预测免疫治疗响应及耐药机制。
  • 疾病标志物发现‌。
    • 筛选血液外泌体诊断标志物。
    • 建立阿尔茨海默症多基因预测模型。‌‌3
  • 药物研发加速‌。
    • 基于GDSC数据库预测化疗敏感性。
    • 构建药物-靶点相互作用网络。‌‌‌‌1

具体服务:

纯生信

●生信+实验

●多组学联合分析

●转录组数据生信分析

●代谢组数据生信分析

●单细胞测序生信分析

●转录组蛋白组联合分析

●微生物代谢联合分析

●转录代谢联合分析

●蛋白代谢联合分析

●单细胞空间多组学联合分析

●转录组学与代谢组学关联分析

●宏基因组数据生信分析

●ceRNA整合分析

●META分析

●基础临床生信分析

●生信分析SCI论文辅助

●医学TCGA GEO数据库挖掘公

共数据库挖掘

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